对于劳动纠纷仲裁输在公司规章制度不完善的情况，可以采取以下整改措施：

1. 完善规章制度：根据仲裁结果和法律要求，对公司的规章制度进行全面梳理和完善。建立和完善劳动规章制度，包括但不限于工作时间、工资制度、休息休假、安全生产等方面的规定。确保规章制度符合国家法律法规和相关政策要求。
2. 增加规章制度透明度：通过内部网站、员工手册、公告栏等渠道，向员工公示劳动规章制度，确保员工了解和遵守相关规定。
3. 加强培训和教育：定期组织员工参加劳动法律法规和规章制度的培训和教育，提高员工的法律意识和规章制度意识。
4. 建立有效的激励机制：建立有效的激励机制，鼓励员工自觉遵守规章制度，并对违反规章制度的行为进行适当的惩罚。
5. 建立内部监督机制：建立内部监督机制，定期对劳动规章制度执行情况进行检查和评估，及时发现和纠正存在的问题。
6. 引入专业法律顾问：引入专业的劳动法律顾问，对公司规章制度提供专业的法律意见和建议，确保规章制度合法有效。

通过以上整改措施，公司可以逐步完善规章制度，提高员工的合规意识和遵守规章制度的自觉性，有效减少劳动纠纷的发生。